Проблема проявлялась в следующем: после перезагрузки сервера служба 1C:Enterprise 8.3 Server Agent (x86-64) перестала работать. Вернее, она запускалась и через минуту автоматически останавливалась. В событиях на сервере фиксировалась ошибка "Application Error" с описанием: